Много преди американците да научат за сексуалните ескапади на своите президенти от 20-ти век - Уорън Хардинг, Джон Кенеди и Бил Клинтън бяха главните нарушители - имаше историята на Томас Джеферсън и Сали Хемингс. Доскоро, когато новоразработените техники в генетичните изследвания направиха научни доказателства за отдавна мъртви фигури достъпни за историците, твърдението, че Джеферсън и неговият роб мулат са сексуални партньори, не може да бъде нито доказано, нито опровергано. Един историк описа историята като „най-продължителната мини-поредица в американската история“. През януари 2000 г. Фондация "Мемориал" на Томас Джеферсън прие заключението, подкрепено с ДНК доказателства, че Джеферсън и Хемингс имат поне едно и вероятно шест потомци между 1790 и 1808 г., въпреки че това заключение беше бързо и пламенно оспорено от други лица и групи.
Историята води началото си през 1802 г., когато журналист с неприлични репутации, Джеймс Календър, публикува първоначалното обвинение в The Richmond Recorder. Мотивите на Календър едва ли бяха чисти. Джеферсън го беше наел да клевети Джон Адамс в президентската кампания през 1800 г., а Календър тогава се обърна срещу Джеферсън, когато плащането за услугите му не включваше политическо назначение. Слуховете за смесване на рода в Монтичело обикаляха Вирджиния от няколко години. Те се основаваха на факта, че привлекателна домашна робиня на име Сали Хемингс имаше няколко деца, които очевидно бяха родени от бял мъж и някои от които имаха черти, подобни на тези на Джеферсън. Нито Календър, нито редакторите на федералистите, които бързо вдигнаха историята, не бяха загрижени преди всичко дали тя е истина. Те се интересуваха от използването на скандала като оръжие за раняване на Джеферсън, чийто политически ръст се приближаваше до своя зенит.
По отношение на практически политически последици обвиненията се оказаха неефективни. Джеферсън беше преизбран чрез свлачище през 1804 г., а партията, която той беше основал, доминираше в националната политика почти без опора от десетилетия. Но през 19-ти век историята за „Том и Сали“, както е била известна тогава, продължава да съществува като внушителен намек, който хвърля сянка на съмнение върху репутацията на Джеферсън в историческите книги.
През 19 век се появиха две нови доказателства, но те си противоречаха. През 1873 г. Мадисън Хемингс, последното дете на Сали (родено през 1805 г.), дава интервю за републиканеца The Pike County (Охайо), в което твърди, че Джеферсън е негов баща и всъщност баща на всичките пет от Сали или шест деца. Това твърдение бе проверено от Израел Джеферсън, друг бивш роб от Монтичело и дългогодишен приятел на Медисън Хемингс. На следващата година Джеймс Партън публикува своя „ Животът на Томас Джеферсън“ и съобщи история, която циркулира в семействата на Джеферсън и Рандолф в продължение на много години - а именно, че племенникът на Джеферсън, Питър Кар, когато се сблъска с Марта Джеферсън, призна, че е баща на всички или на повечето деца на Сали.
Там нещата стоят близо век. Последното косвено доказателство се появява през 1968 г. с публикуването на „ Бялото над черното” на Уинтроп Джордан : Американски нагласи към негрите, 1550–1812. Джордан забеляза, че Сали Хемингс е забременяла едва когато Джеферсън присъства в Монтичело, което е значително разкритие, тъй като той отсъства напълно две трети от времето. Работата на Джордан също стартира нова вълна от стипендии, която фокусира вниманието върху изключително проблемния статут на Джеферсън като робовладелец, който е имал категорично негативни възгледи за афроамериканците и твърди убеждения за невъзможността на каквото и да е бирациално американско общество. По-критичната оценка на характера и наследството на Джеферсън хвърли два различни лъча светлина върху историята на сексуалната връзка със Сали Хемингс. От една страна, той подкопа изцяло благоговейния поглед към Джеферсън, като по този начин направи обвинението още по-правдоподобно. От друга страна, тя разкрива яростно расистките ценности, които Джеферсън споделя с други плантатори от Вирджиния,като по този начин хвърля нов вид съмнение, че ще влезе в дългосрочна сексуална връзка с чернокожа жена. През следващите две десетилетия научните мнения по въпроса се разделиха, въпреки че по-голямата част от историците и биографите вярваха, че доказателствата остават неубедителни и неубедителни.
През ноември 1998 г. станаха достъпни драматични нови научни доказателства. Няколко учени в продължение на много години се застъпваха за извършване на ДНК анализ на останките на Джеферсън и сравняване на резултатите с потомците на Сали Хемингс. Но белите потомци на семейство Джеферсън се бяха противопоставили на мисълта да изкопаят своя прародител като гадно предложение. И вероятността да се получи достатъчна проба от генетичен материал след толкова години изглеждаше далечна. Новите техники за съвпадение на части от мъжката Y-хромозома позволяват да се извърши сравнението, без действително да се вземе пробата от самия Джеферсън.
Тъй като Y-хромозомата се предава непокътната от мъжка страна, статистически надеждни резултати могат да бъдат получени от всеки мъжки потомък от семейство Джеферсън. Д-р Юджийн Фостър, пенсиониран патолог от Университета на Вирджиния, събра ДНК проби от жив потомък на чичото на Джеферсън по бащина линия, Филд Джеферсън, както и от потомци на най-малките и най-големите синове на Сали. Резултатите разкриха перфектно съвпадение между специфични части от Y-хромозомата на Джеферсън и Y-хромозомата на Естън Хемингс (роден 1808 г.). Шансът такова съвпадение да се случи в случайна извадка е по-малък от един на хиляда. Проучването на Фостър също включва сравнение на линията на Хемингс с потомци на семейство Кар, което не показва съвпадение,като по този начин се подкопава обяснението, предложено от белите потомци на Джеферсън, че Кар е родил децата на Сали.
Със сигурност ДНК доказателствата установяват по-скоро вероятност, отколкото сигурност. Няколко от роднините на мъжете на Джеферсън имаха същата Y-хромозома, което ги прави еднакво генетично приемливи като бащи, макар че никой от тях не присъстваше в Монтичело девет месеца преди всяко от ражданията на Сали, както беше Джеферсън. Въпреки това онези, които най-страстно оспорват бащинството на Джеферсън, могат правилно да твърдят, че това не е въпрос на научна сигурност. Дали бащинството на Джеферсън е доказано извън разумно съмнение, зависи до голяма степен от това кой представлява журито.
Къде ни оставя това? Може би най-добрият начин да го кажем е да кажем, че тежестта на доказване се е изместила доста драстично. Новият консенсус на учените е, че Джеферсън и Хемингс са били сексуални партньори. Колко дълго е продължила връзката, е по-малко ясно, макар че тежестта на доказване сега е върху тези, които искат да отхвърлят твърдението на Мадисън Хемингс, че връзката е била дългогодишна. Характерът на връзката е още по-скоро въпрос на догадки. Дали това е било съгласие или принуда, въпрос на любов или изнасилване, или може би взаимно споразумение, което е осигурило на Джеферсън физическо удовлетворение, а Хемингс с привилегирован статут и обещание за свобода за децата й, е въпрос на оживен дебат. Този дебат вероятно ще продължи известно време,отчасти защото историческите доказателства практически не съществуват и отчасти защото въпросът за характера на Джеферсън се е превърнал в трофей в културните войни. Неговите почитатели ще бъдат предразположени да тълкуват връзката със Сали Хемингс като любовна афера, с Джеферсън и Хемингс в ролята на най-видната двойка в Америка, или ще поставят под съмнение надеждността на ДНК доказателствата, настоявайки, че това не е научно убедително или че лети в лицето на характера на Джеферсън, поне както те го възприемат. Неговите критици ще разглеждат връзката като символика на хищническото поведение на бели робовладелци и заклеймяващи доказателства за упоритото лицемерие на Джеферсън, което след това се разширява, за да служи като графична илюстрация на чисто платитуден характер на красноречивите му изявления за човешката свобода и равенство.
